Boas dicas. Para notas, tenho usado o Obsidian, que é tanto um editor de texto markdown quanto um gerenciador de arquivos. Lá também é possível inserir links entre os arquivos, adicionar etiquetas, baixar plugins da comunidade de desenvolvedores, converter arquivos para docx, pptx, pdf, etc.
Quanto ao método Zettelkasten, realmente é bastante interessante, mas ainda não consegui implementar. Este blog é dirigido ao tema: https://zettelkasten.de
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